정상부를 중심으로 북서 방향으로는 52m까지 급한 수심변화가 있으며, 다시 50m 로 높아지지만 비교적 경사가 완만한 지형변화를 보인다. 다시 정상부의 동남 방향으로는 수심 45m 에서 수심 55m로 갑자기 낮아지는 급경사의 돌출암반이 분포한다.

이어도 정상 암체의 주변은 50m 등심선을 기준으로 보면 남북으로 약 1.8㎞, 동서로 약 1.4㎞의 타원형 형태로 면적은 약 2㎢이다. 이어도 해양과학기지의 설치위치는 이어도 정봉으로부터 남쪽으로 약 700m 떨어진 곳으로, 이 곳의 수심은 41m이다.